Kind: captions
Language: id
Halo assalamualaikum warahmatullahi
wabarakatuh pada video Sebelumnya kita
telah mempelajari bagaimana caranya
mengakses than Bang mencari nukleotida
di database tersebut dan mendownload
nuklir tidak tersebut dalam format pasta
dan pada video kali ini Mari kita
pelajari Bagaimana caranya melakukan
blas blas itu sebetulnya singkatan ya
singkatan dari basic lokal lain
men-search tool nah Blast ini merupakan
program dan algoritma yang kita gunakan
untuk mencari squash dari database yang
mirip dengan squash yang kita miliki
Hai Nah kita perlu melakukan ini ketika
kita ingin mengetahui DNA yang kita
miliki misalkan kita melakukan isolasi
DNA ya tetapi kita tidak ketahui DNA ini
nanti termasuk gen apa kemudian
kemungkinan dari spesies mana Nah dengan
mengisolasi DNA tersebut kemudian urutan
DNA nya kita ketahui lalu melakukan
Blast maka kita bisa mengetahui Oh
ternyata DNA yang saya miliki Ini
kemungkinan berupa gen apa dari spesies
mana
Hai atau juga ketika kita melakukan
isolasi gen tertentu kemudian kita ingin
konfirmasi Betul tidak sigen yang saya
isolasi ini memang Gen a-nae untuk
memastikannya kita lakukan Blast
sehingga nanti bisa kita yakinkan Oh
ternyata yang kita isolasi betul Gena
bukan Gende atau GMC ataupun juga kita
melakukan Blast untuk mempelajari
hubungan atau kekerabatan antar gen
ataupun bahkan antar spesies oke
sekarang langsung saja kita lakukan
analisis 11 caranya bagaimana langsung
saja di Google sini kita Tuliskan brush
Hai Nani sini setelah kita Tuliskan
Blast dan kita eder akan muncul berbagai
hasil pencarian di pencarian pertama
akan muncul blas ide2 basic lokal lain
Monster School
Hai nah ini yang kita klik ya kita klik
kiri sekali
Hai namanya saja basic lokal lain
menshare tool jadinya disini ada lain
menelan menit Open sejajaran Apa itu pun
sejajaran nanti kita lihat contohnya
setelah kita membuka situs belas tadi di
sini ada beberapa pilihan kita ingin
melakukan Blast nukleotida kita ingin
melakukan Blast protein atau kita ingin
membalas hasil translasi dari nukleotida
yang kita miliki dengan dasar database
protein atau sebaliknya kita ingin
melakukan brush protein yang kita miliki
yang nanti akan dibandingkan dengan
database
Hai hasil transaksi nukleotida nah pada
video kali ini Mari kita pelajari Blast
yang nukleotida sehingga kita pilih ini
ya nucleotide Blast kita klik kiri
sekali
Hai setelah kita klik kiri sekali make
kita akan diarahkan ke halaman Dimana
kita bisa melakukan brush
Hai caranya bagaimana Neng pertama
disini kita melihat ada enter kuil is
quiet uh semacam acuan pertanyaan
pengajuan pengajuan kita kita masukkan
di sini di sini ada beberapa cara untuk
melakukan atau memasukkan query kita
yang pertama kita bisa mengkopi squash
yang kita miliki Yang kedua kita bisa
mengupload file yang berisi squash
tersebut
Hai Nah misalkan saja kita langsung
mengcopy squash yang kita miliki kalau
kita tidak memiliki sekuen semangka kita
bisa ke ncbi lagi kita coba cari squash
dari ncbi kemudian kita Blast Oleh
karena itu Mari kita buka MCPE
Hai nah ini kita klik ya yang paling
atas sini dari hasil pencarian Google
Kemudian pada video kali ini Mari kita
coba
Hai Jane dari manusia misalkan saja
aktif protein aktin ya action itu
termasuk filamen ya protein yang bisa
kita temukan di berbagai sel karena dia
turut menyusun sitoskeleton rangka sel
mohon maaf belum saya atur tetap bisa
tadi saya kembalikan
Oh ya Di Sini saya tulis hiu mana
tinjoman itu manusia kemudian odbc.ini
tidak kita pilih nucleotide Mari
Sekarang kita coba jin-jin ya kita klik
kiri sekali kemudian kita klik search
Hai karena saya menulisnya hanyalah
woman extend maka hasil pencariannya
nanti tidak fokus pada protein aktin
saja namun protein-protein lain yang
berkaitan dengan aktin juga akan muncul
di hasil pencarian misalkan saja ini
Villa Mina filamen ini merupakan protein
yang dapat berikatan dengan aktin karena
dia berperan sebagai protein binding
reading protein aktin binding protein
protein yang dapat berikatan
berinteraksi dengan aktif
Hai nah ini jin id-nya atau identitas
gennya adalah evelyna Emon of 2316
sedangkan nama gamenya fln a
ini Dia berasal dari homo sapiens
tampilan hasil pencariannya sedikit
berbeda ketika kita menggunakan tetap
miskin bila kita bandingkan dengan
database nukleotida yang sudah kita
pelajari di video sebelumnya sekarang
misalkan kita pilih yang fln ini kita
klik kiri sekali
Hai sekarang kita tunggu agar halaman
yang berisikan informasi evelina muncul
Nah ini ya evelyna Villa Min Ah dari
homo sapiens Disini official
simbol-simbolnya dari gamenya adalah
evelina Nama lengkapnya adalah film in a
Hai Nah organismenya dari umur sapiens
dan nama lain dari game ini adalah FF
nmd dan sebagainya
Hai kemudian Apa yang harus kita lakukan
kita Scroll down layar kita kita cari ke
arah bawah kita membutuhkan refseek
referenz
Hai lakeisha Scroll down terlebih dahulu
nah ini NTB er friend scenes ini yang
kita cari
Hai atau rese ini ya kemudian nah Disini
I am Een protein di sini ada nm 011 dan
sebagainya dan np0 1104 kalo kita klik
ini kita akan diarahkan ke Jember
kerjaan bang ke database nukleotida
namun kalau kita klik yang NP kita nanti
akan diarahkan ke database protein
karena pada video kali ini kita ingin
belajar Blast nukleotida maka kita pilih
yang ini m001 dan seterusnya kita klik
kiri sekali
Hai Nah setelah kita klik m00 itu kita
akan diarahkan ke Jin banknya Nahin ya
nucleotide sama seperti video sebelumnya
dan tampilannya juga sama seperti video
yang kemarin itu
Hai cumadisini informasinya lebih banyak
oh ya lebih panjangnya lebih banyak
kemudian disini nah jinnya jinnya
monokin nya itu dari bahasa pertama
hingga 857
Hai nah ini pasangan basal dari
nukleotida ini juga sepanjang 857
sehingga gamenya seluruhnya
Hai karena dia dari you mean you man itu
manusia-manusia itu termasuk eukariot
kebanyakan Genio kariot itu tidak hanya
terdiri atas coding Regent ya dia
terdiri atas banyak Exxon kalau kita
belajar transkripsi dan translasi ada
tahapan modifikasi pasca transkripsi
pada tahapan tersebut
Hai squence mereknya itu akan
dipotong-potong
Hai nah yang dibuang Itu namanya intron
sedangkan yang dipertahankan itu Exxon
nah Exxon itu kemudian nanti akan lanjut
ke proses translasi nah sama seperti
Genie Genie mengandung banyak Exxon dan
disini ternyata ada dua Exxon ya
misalkan Saya klik Exxon yang disini
Exxon ini dari bahasa 1-129 saya klik
nah sehingga langsung diarahkan ini lo
Exxon pertamanya ada di sini sekarang
Exxon keduanya
Hai Oke ini soalnya banyak ya saya pilih
salah satu saja misalkan ini Exxon yang
ini dari basal 1813 hingga 1936 Saya
klik Krebs Nah langsung ke daerah Exxon
tersebut
Oh begitu ya Oke ini terkait intron dan
ekson sekarang bagaimana caranya kita
akan melakukan brush terhadap nuklir
tidak ini kita kearah atas kemudian kita
membutuhkan fast tanya di video
Sebelumnya kita telah belajar bagaimana
caranya men-save nukleotida dalam format
pasta dan pada video kali ini kita tidak
perlu menset kita bisa memperoleh fasta
tanpa mendownloadnya caranya bagaimana
nah di bagian atas sini ada tulisan
fasta kita klik kiri sekali
Hai sehingga kita akan diarahkan ke
halaman yang berisikan fasta dari JNE
Hai Disini di baris pertama ada tanda
lebih besar dari kemudian identitas
nuklir tidak tersebut
Hai kemudian disini adalah urutan cdna
nya karena dia MrNa ya jadinya nih
merupakan hasil cdna nya untuk melakukan
Blast kita copy urutan basa nitrogen in
jadinya yang dari baris kedua kita copy
dari pertama hingga terakhir
Ayo kita blog ya
Hai cara memblok nya kita Tekan klik
kiri kemudian kita tahan hingga kebaca
terakhir Setelah terblok semua kita
tekan kontrol C di keyboard
masing-masing kemudian kita kembali
kehalaman belas di kota ini kita Tekan
klik kiri satu kali kemudian kita tekan
kontrol V atau peace
Hai di sini upload filenya tidak usah
kita isi karena kita langsung menuliskan
urutan nukleotida nya subtitle ini bisa
diisi bisa tidak misalkan kita tulis
12 asin Nah misalkan ini Ya terserah
Ayah bebas ya kemudian langsung saja ke
arah bawah di sini ada Berbagai opsi
kita Diva kan aja tidak usah kita ubah
kemudian di sini ada optimized for ini
kita bisa dipilih Apakah kita ingin
melakukan Blast dengan Hayley seemiller
screenshot-nya spesies yang sangat mirip
atau word is similar sekuensinya lebih
renggang ya kemiripannya Ataupun mungkin
sang websimilar scenes jadinya lebih
renggang lagi hasilnya nanti oke
langsung saja kita tekan tombol balas di
sini kita klik kiri sendiri Kita klik
masing-masing ya di laptop masing-masing
kemudian kita tunggu prosesnya
saat ini proses blasting Jadinya
nukleotida kuriki tadi nukleotida yang
kita ajukan tadi ini akan dibandingkan
dengan nukleotida yang ada di database
secara keseluruhan Adore ribuan atau
ratusan ribu nukleotida di dalam
database ini dibandingkan dengan
nukleotida kulirik kita nukleotida yang
kita ajukan tadi
Hai nah ini hasilnya
Oh ya kira-kira Scroll tanah bawah nah
disini ada description ini merupakan
hasil glassnya prinsipnya adalah
nukleotida yang kita kirimkan
dibandingkan dengan nukleotida yang ada
di daerah bis kemudian ini ditampilkan
dari nukleotida yang kemungkinan paling
berkerabat paling mirip dengan
nukleotida kita hingga yang paling jauh
kemiripan dan kekerabatannya
pengurutannya ini didasarkan pada I
value myvalue ini merupakan nilai kalau
kita belajar statistika itu kita
mengenal p-value ya kalau ini ivelyn
kalau bisa Riska Vivaldi dengan nilai
signifikansi
Hai Eiffel YouTube juga nilai
signifikansi juga
Hai jadinya seberapa besar kemungkinan
kita mendapatkan scenes yang kita
masukkan tadi ini
Hai ke sekuensing ada di database
jadinya kemungkinan-kemungkinan kita
memperoleh apa yang kita masukkan dengan
Kai informasi tersebut di dalam database
nukleotida yang ada begitu semakin kecil
evilnya maka software tersebut semakin
dikatakan mirip dan berkerabat dengan
sekuensing kita masukkan tadi ini
Hai lagi
Hai kemudian selain description di sini
ada kritik sastra fiksi Merry
Hai semakin merah warnanya maka semakin
mirip dengan screen clear kita ya ini
ada keterangannya ya
Hai Nah di sini Nanti kalau ada yang
warnanya bukan merah misalkan warnanya
ungu atau hijau artinya scenes tersebut
sudah semakin jauh dengan squash yang
kita masukkan tadi begitu kemudian di
sini ada alen-alen lain menitip
penjajaran Apa itu penjajaran pengajaran
itu kita menjajarkan kita menjajarkan
beberapa rantai bisa DNA bisa Erna bisa
protein nah pada video ini akan kita
belajar Blast nukleotida maka yang
dijajarkan adalah
Knuckle tidaknya rantai nukleotida nya
kebetulan Deni ya jadinya ada DNA yang
kita ajarkan
Hai ini contohnya nah pada blush-on
jajarannya itu hanya
G2 rantai nukleotida
Hai ini ya
Hai jadinya dicuri ini merupakan nuklir
tidak kita kemudian ini subjek-subjek
itu apa nukleotida yang ada di database
Hai jadinya dijajarkan ini milik kita
ini yang ada di database kalau sama di
sini ada garis lurusnya Oh di basa
nitrogen nukleotida kita yang pertama
adalah gua nih ya kemudian basa nitrogen
dari nukleotida pertama dari database
hasil alignment lemon Maaf alis hasil
beras juga G juga kita ya kalau kita
Scroll ke arah bawah Terus sekarang tadi
panjang ya nanti penjajahannya ini
sampai bahasa terakhir baca ke-8 ribu
lima ratus 07 kebetulan hasil jelasnya
ini mirip 100% kemudian disini hasil
penjajaran query
Hai sekuens nukleotida milik kita yang
kita masukkan tadi dengan suku
nukleotida kedua dari database yang I
value nya urutan nomor
Hai kemudian kalau kita ke kroll lagi
nanti akan muncul seperti ini sekuen
nukleotida milik kita dijajarkan dengan
sukulen suka nukleotida hasil buzz
dengan I value terkecil ketika begitu
Nah di sini kita lihat
Hai di sini sama ya ada garis lurus
kemudian basa nitrogennya sama nah
kemudian disini juga ada garis lurusnya
artinya Apa artinya disini tidak meets
bahasanya milik kita ini timin ternyata
milik nukleotida pada database tersebut
adalah sitosin sehingga tidak ada
garisnya Nah kalau disini tidak ada
garisnya dan di sini ada strip strip
strip strip ini artinya di sini ada gap
Maksudnya bagaimana jadinya
Hai nukleotida yang ada di database itu
setelah timin langsung guanin sedangkan
milik kita suratimin ada guanin guanin
sitosin guanin sitosin guanin sehingga
di sini ada Cap daerah sini tidak bisa
dipasangkan karena tidak ada pasangannya
disini setelah timin kemudian guanin
guanin nah guanin guanin dipasangkan
dengan yang ini begitu ya jadinya disini
kosong di sini enggak ada pasangannya
ini namanya get Kalian disini mismatch
Di sini ada ada temennya tapi temannya
ini tidak saling namun Afrida sama
atasnya timin bawahnya sih tosin Nikita
Hai Oke ini cara melakukan brush yang
pertama cara melakukan Blast yang kedua
adalah kita langsung upload pasta yang
kita miliki
Hai langsung saja ya misalkan kita
Tuliskan kita ke Google lagi dulu biar
mudah kemudian kita menuju Blast lagi
Hai kemudian kita pilih yang ini sama
seperti tadi caranya
Hai nadi langkah pertama tadi kita akan
emas bicara pertama tadi kita akan itu
mengcopy urutan nukleotida di kota ini
nah sekarang yang kedua kita tidak perlu
mengcopy Namun kita upload file-file
sasta misalkan saja file-file yang telah
kita peroleh di video sebelumnya caranya
bagaimana langsung saja kita klik browse
Disini
Hai setelah kita klik browse kita cari
file kita
file format pasta yang telah kita
download sebelumnya Nah misalkan yang
ini ya
Ayo kita klik kiri sekali kemudian Open
the
Hai ini merupakan nukleotida yang kita
cari dijen bank di video sebelumnya dari
spesies by itu apa kerang air sungai ya
dia mulu skating bivalvia kalau lupa
silakan dibuka video sebelumnya kemudian
job title ya bisa diisi bisa tidak lalu
disini opsinya kita default Kanada tidak
usah kita ubah kemudian kita klik jelas
jadinya langkahnya sama bedanya adalah
kita tidak mengcopy urutan nukleotida
tetapi kita mengupload format pasta
Hai nah ini hasilnya sama ini diurutkan
dari iflg yang paling kecil hingga
Eiffel Yi yang lebih besar semakin kecil
yg PLG artinya semakin
Hai berkerabat semakin dekat hubungan
atau semakin mirip nukleotida yang kita
masukkan dengan nukleotida yang ada di
database
Hai Nah di sini bisa kita lihat
Hai yang kita masukkan tadi itu kan
nukleotida dari ini spesies villosa
lenosa bivalvia tadi ternyata setelah
kita Blast dia itu juga gen ini mirip
dengan urutan nukleotida dari spesies
lain yaitu dari systron Ayas tampis
Online season dicek sendiri ini
organismenya apa kemudian disini juga
ada ambil Ema plicata disini adalah
mesin list cilik Aida dan sebagainya
Hai selain kita melakukan Blast dan
melihat grafik cuma sama Ridan alinemen
Kita juga bisa melihat taksonomi
nyanyi taksonominya selain itu kita juga
bisa mendownload hasil glass ini kita
bisa mendownload semuanya kita bisa juga
menurut sebagian Bagaimana caranya
menurut sebagian nah disini akan Ada
Sule call di sisi kiri select all
tentangnya kita hilangi kemudian kita
pilih beberapa misalkan ini villosa
lenosa kita centang kemudian season Ayas
kita centang ambil Emang kita centang
lam Silet kita centang kemudian kita
pilih yang evelyne agak jauh misalkan di
sini kemudian yang ini setelah kita
centang di sini ada menu download
Ayo kita klik ya kemudian kita pilih
fasta juga
Hai setelah diklik fasta akan muncul
kotak seperti biasanya kita pilih save
file
Hai sehingga hasil alignment ini
khususnya sekuensing sebab kita centang
ini sudah terdownload dalam format pasta
Mari kita lihat hasilnya seperti apa
bisa dilihat dibuka menggunakan notpetya
nah ini hasilnya
Hai karena disini ada beberapa data yang
kita download makan obat ini
yang berisikan beberapa nukleotida juga
ini nukleotida pertama yang aye 95 ini
dari villosa kemudian di sini ada f033
191 dari sisleya Stampy sinensis dan
seterusnya kemudian bila kita kembali ke
tabel hasil nn.com paling kanan di sini
ada kolom action ini daftar aksesnya ya
kita istilahkan kemarin itu akses ini
merupakan id-id kalau di masyarakat
Indonesia itu KTP KTP dari data-data ini
kalau kita mengklik aksesi dari
nukleotida dan nukleosida tersebut kita
bisa langsung diarahkan ke jenjang dari
nuklir zat tersebut misalkan saja ya
yang nukleotida kedua ini
Hai saya Klik Kanan kemudian open link
In New Tab
Hai maka di tebaru ini kita akan
diarahkan ke jembeng dari scenes
nukleotida tersebut nah ini ya jadinya
langsung ngelink langsung berhubungan
dengan jin bank
Hai selain itu kita juga dapat menyusun
pohon yang menggambarkan kekerabatan
berdasarkan kemiripan sekuensinya
caranya bagaimana nah dia bagian atas
sini ya Ada other reports nah ini kita
pilih distance Tree of research kita
klik kiri sekali
Hai kemudian secara otomatis akan muncul
Tab baru dan di dalam tab tersebut akan
menghasilkan pohon yang dapat
menggambarkan kekerabatan
Hai dan pohon ini didasarkan hasil glass
tadi ini merupakan squirt yang kita
masukkan
new scan ini memiliki kekerabatan atau
kemiripan yang besar dengan scenes yang
ini selain itu dia ternyata juga dapat
dikatakan memiliki kerapatan yang lebih
dekat
Hai dengan neotrygon ia Margarita bila
dibandingkan dengan lampu xilisoft Fatah
begitu ya ini jadinya mengemudi Agram
ini menggambarkan kekerabatan
berdasarkan hasil glass yang telah kita
lakukan jadinya kita bisa membandingkan
sekuensing kita miliki ini mirip atau
dapat ditemukan atau memiliki homologi
dengan secondary spesies mana saja sih
begitu
agan2 kembali ke tab hasil blush ini tu
Ayo kita lihat lagi ya di menu Clinton
Nah di sini ya kalau kita lihat ya
Hai setelah kita centang maka hasil
lainnya ya kita centang di sini ya kita
centang sebagian scan maka hasil lainnya
hanya menunjukkan hasil lain menanta ra
KYT kita dengan scene-scene yang kita
centang Tadi hanya tidak seluruhnya
muncul hanya yang dicentang saja
sekarang yang disejajarkan dan yang
perlu kita ketahui pada hasil Blast
khususnya pada linen kita hanya
melakukan online pada 2success
nukleotida
Hai jadinya 22 RW sepasang-sepasang ini
lemon query kita dengan nuklir tidak
pertama dari database kemudian ini ku
iri kita dengan nukleotida kedua mainkan
sepasang-sepasang nah pada video
selanjutnya kita akan mempelajari
bagaimana caranya melakukan penjajaran
langsung pada lebih dari dua Negeri
tidak jadinya tidak hanya dua nukleotida
ini namun nanti ada lebih dari 200
Hai ini meskipun barisnya banyak
sebetulnya ikan kelanjutan dari sini
jadinya ini ya sampai sini ini basah
nomor 60 kemudian ini basah Nomor 61
kemudian ini basres 20 bahasa 121
jadinya ini sebetulnya merupakan
sekuensi yang sama
Hai dan bisa kita lihat ya ya dia lain
Hanya dua milik kita dengan salah satu
nukleotida di tetapi di video
selanjutnya kita coba pelajari misalkan
kita memiliki 500 tidak Bagaimana
caranya kita langsung menjajarkan ke-55
nya Kita akan menggunakan data yang
telah kita download sebelumnya tadi
Hai yang kita download dalam format
fasta barusan Bagaimana caranya kita
akan pelajari di video selanjutnya
terima kasih atas perhatiannya Mohon
maaf bila ada kesalahan Assalamualaikum
warohmatullohi wabarokatuh