Tutorial Cara Melakukan Multiple Sequence Alignment menggunakan Clustal Omega
1dUyr3nMXS0 • 2021-04-08
Transcript preview
Open
Kind: captions Language: id Halo assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh di video Sebelumnya kita telah mempelajari bagaimana caranya melakukan Blast dan di video tersebut kita bisa melihat hasil lain Man Ia yang menunjukkan bahwasanya di Blast kita hanya bisa melakukan penjajaran dua squash nuklir Tidak sehingga penjajahannya hanya sepasang-sepasang antara dua nukleotida tidak bisa lebih dari dua Nah pada video kali ini Mari kita pelajari Bagaimana caranya melakukan multiple lines caranya melakukan penjajaran pada lebih dari dua Square langkah pertama yang harus kita lakukan adalah kita mengakses Google terlebih dahulu setelah Google tertampilkan di Kolom pencarian Google Mari kita ketik class telur Omega 1 Hai nah di hasil pencarian yang paling atas akan diperoleh hasil ini Kalsel Omega kemudian ini ada multiple scan selain Man ini yang kita klik klik kiri sekali Hai sehingga kita akan diarahkan ke website dari kelas lo Hai Sekarang mari kita lakukan multiple scan salin Hai caranya bagaimana nah disini sudah ada panduannya step Pertama masukkan squash kita Hai kemudian disini ada pilihan sequins kita ini protein DNA atau RNA pada video kali ini Mari kita pelajari Bagaimana caranya melakukan multiple scan selain menpa data DNA sehingga kita pilih yang DNA Hai kemudian di kolom squishy nenis support format disini kita bisa mengkopi urutan nukleotida yang kita miliki atau selain mengcopy urutan nukleotida kita bisa memasukkan data kita dari format fasta yang telah kita download di video sebelumnya jadinya ada dua pilihan ya sama seperti belas kemarin di beras kemarin kita bisa memasukkan data dengan mengcopy Urutan nukleotida atau mengupload fasta pada saat multiple lain menunaikan Cluster Omega ini kita juga bisa melakukan dua opsi tersebut pertama Mari kita coba dengan cara upload pasta caranya bagaimana kita pilih di sini ada tombol bros-bros kita klik klik kiri sekali kemudian kita cari tau Hai format pasta yang kita download kemarin itu dimana Nah ini ya kebetulan kau di laptop saya di folder download dan namanya belum saya ubah yaitu sekdam Saya klik kiri sekali kemudian open Hai setelah ini nanti kita coba length Langkah kedua ya kita copy langsung saja Hai Papa format Hai yang mana kita copy langsung urutan nukleotida yang kita miliki Nah setelah kita upload file fakta tersebut Langkah kedua adalah menset parameternya di sini ada bermacam-macam ya kita tetap menggunakan kelas-kelas double you yang pertama ini with character count Hai kemudian di sini ada beberapa opsi kita Diva kan aja tidak bisah kita ubah-ubah kemudian di step ketiga kita submit pekerjaan kita bila anda ingin mendapatkan hasil melalui email ya ini tinggal dicentang saja Kemudian masukkan email kita dan subjek email yang kita inginkan Hai namun pada tutorial kali ini kita tahu saya menggunakan email langsung saja kita submit kita klik kiri sekali tombol submit kemudian kita tunggu sebentar prosesnya Hai nadanya dikatakan hasil kita ini akan tersimpan di database faskel Omega selama tujuh hari setelah tujuh hari Maka hasilnya akan otomatis dihapus Hai dan ini nama ID dari job kita class Lho kok strip 12021 dan sebagainya Hai Nah Ini hasilnya sudah muncul ya status Hai bisa kita lihat Hai ini hasil multiple lainnya Hai basah pertama hingga basah ke-60 kemudian ini basah ke-61 ingga 120 bahasa 121 hingga 180 dan seterusnya kita lihat tidak hanya dua squash yang disejajarkan namun langsung berapa ini 3456 scenes bandingkan dengan hasil glass kemarin alam lainnya hanya 22 eh nih linen and wave ini squash pertama ini scones kedua yang diajarkan sedangkan yang ini langsung 66 nya dijajarkan Hai Neng Keke Hai bisa kita lihat sampai bawah ya kita Scroll down nah ini hasilnya Hai panjang sekali ya Bahasanya Oke Selain hasil lain seperti ini Kita juga bisa melihat Hai pohon filogenetik nya Coba kita klik menu pohon filogenetik Hai nah ini hasilnya Nah kalau ini kado G ya cladogram itu cabangnya tidak memiliki makna kekerabatan genetiknya tidak memiliki makna jarak genetiknya Bila kita ingin mengatur cabang ini sehingga cabang ini juga mengilustrasikan jarak Jenet iq-nya maka kita pilih branch link-nya dengan option yang riil bukan cladogram Coba kita klik nah hasilnya seperti ini jadinya panjang dari cabang akan menggambarkan genetics tensenya dari scene-scene yang kita bandingkan ini Oh gitu ya Hai itu cara kita kalau kita menggunakan pasta sekarang Mari kita coba tidak menggunakan fakta-fakta Hai langsung kita copy Knuckle tidak kita caranya bagaimana pertama kita kembali kita mengakses Pa Omega kemudian selain membuka Clash of Clash Royale Mega Mari kita buka lagi hai hai I make setelah kita buka ncbi eh langsung kita pilih nuclear threats aja ya biar nanti mudah mencari urutan nukleotida nya kita pilih nukleoid kemudian di Kolom pencarian misalkan kita menggunakan gen yang lain ya sitokrom b dioksidasi ini juga termasuk protein yang ada di mitokondria yang turut terlibat dalam fosforilasi oksidatif juga respirasi seluler juga saya Tuliskan disini situ room MP3 mudian Saya klik search Hai kemudian kita tunggu sebentar hasilnya Hai nah ini hasilnya ini ada berbagai macam spesies pohon Hai ada dari aku mimpiin Ussy Sumbi glacialis emsland Dita Anggun hilang kemudian akun lagi sekarang Mari kita coba pilih 55 spesies Hai misalkan yang pertama ini akun Mini kemudian glasial is Hai kemudian splindit Hai kemudian misalkan yang lain ya kebanyakan aku Meme ini m.now find a nilai karena contoh ini ada tutorialnya hanyalah contoh melakukan multiple lain membaca ini saya memilih nya rendem ya kuenya ya hai oke sekarang bagaimana setelah kita membuka jayne Bang dari setiap nukleotida ini Ayo kita kemudian ke menu pasta kita klik vastaya Hai semuanya kita klik savas Hai yang kemudian kita tunggu prosesnya agar diarahkan ke Hai nah ini hasil fastmail Hai sekarang semuanya ini kita copy dari baris pertama dari baris identitas hingga bahasa terakhir berbeda dengan beras kemarin ya kalau balas Kemarin kan kita mengcopynya dari bahasa pertama hingga bahasa terakhir kalau multiple lain menit kita copy dari identitas sehingga bahasa terakhir ditekan kemudian kontrol C kemudian kita kembali kekelas kalau Mega di sini jangan lupa diganti DNA terlebih dahulu kemudian kita tidak upload file Namun kita langsung memasukkan squash kita kita klik kiri sekali didalam kota ini kemudian kontrol V lalu enter kemudian kita ke data kedua miliknya big rasialis sama dicopy dari identitas sampai basah terakhir kontrol C kembali ke kota sini kemudian jangan di-enter jangan diberi spasi langsung di kontrol Hai kemudian enter lagi tanpa Enter Dua kali aja jadinya enternya cukup sekali sehingga tidak ada spasi kemudian kita ke sekuensi yang ketiga dari MCB Andhika kita copy lagi kontrol C kemudian kontrol V enter sekali saja agar tidak ada spasi kemudian kita copy yang ini m Novin aiyyaa badannya air ya kita copy semua rumus kmudian kita kontrol V Oke hanya semua nukleotida yang ingin kita alignment sudah dimasukkan Hai kemudian save keduanya kita tetap menggunakan Castle double yoghurt karakter count kemudian opsinya file kemudian kita klik submit sehingga proses multiple lemon berjalan Hai dan perlu kita tunggu sebentar Hai nah ini hasilnya hai oke karena saya rendem ya mencarinya ya jadinya hasilnya Ya ya seperti ini tetapi dengan langkah seperti ini kita tahu ya bagaimana caranya kita melakukan multiple linen tanpa upload format fasta namun langsung mengcopy squash yang kita miliki begitu hai oke oh ya ada yang belum saya sampaikan di Tahapan pertama tadi Sekarang kita coba baca Maksudnya apa sih ini hai oke ketika ada spreadnya seperti ini artinya tidak ada bahasa di daerah sana Hai kemudian ketika Knuckle tidak nukleotida tersebut memiliki bahasa yang sama misalkan di sini ya kita melakukan multiple alamin Lynn pada 4 nukleotida dan ternyata dibahasa nomor sekian itu Bahasanya sama semua maka akan diberi tanda bintang misalkan ini ini bahasa ke-61 keempat nukleotida ini memiliki bahasa yang sama yaitu cccc sitosin semua sehingga di sini diberi tanda bintang kemudian bahasa yang selanjutnya Berbeda sehingga tidak ada bintang karena Disini sitosin yang nukleotida Hai adenin kemudian yang ketiga sitosin yang keempat ditetesin sedangkan selanjutnya guanin semua sehingga ada tanda cintanya begitu jadinya ketika kita melakukan multiple linear kemudian kita melihat atau kita mengetahui bahwa semua bahasa Di posisi tersebut sama maka di bagian paling bawah Dari hasil multiple linear akan muncul anda pintar namun ketika softlens yang kita libatkan dalam multiple lemon pada daerah tersebut tidak memiliki basah misalkan ini ya Hai maka tidak ada bahasa Inggris Tuliskan namun disimbolkan dengan strip ini artinya pada bahasa 1-60 tidak ada bahasa pada rantai nukleotida dari x775 07 ini namun pada tiga rantai nukleotida yang lain terdapat Hai basa nitrogen gitu hai oke demikian penjelasan saya terkait Bagaimana caranya kita melakukan multiple lain mendengar menggunakan Cluster Omega pada video selanjutnya kita akan mempelajari bagaimana caranya menggunakan Mega software yang biasa digunakan untuk melakukan analisis filogenetik juga Hai terima kasih atas perhatiannya Mohon maaf bila ada kesalahan Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh
Resume
Categories