Kind: captions
Language: id
Halo assalamualaikum warahmatullahi
wabarakatuh di video-video Sebelumnya
kita telah mempelajari bagaimana caranya
mengakses ncbi mencari nukleotida di Jin
bank kemudian melakukan Blast hingga
melakukan multiple Scan solaiman dan DVD
yang terakhir kita juga telah
mempelajari bagaimana caranya mengunduh
dan menginstal Mega di video kali ini
Mari kita pelajari Bagaimana caranya
membuat pohon filogenetik menggunakan
Mega yang telah kita install Oleh karena
itu langkah pertama yang harus kita
lakukan adalah membuka Mega kita
Hai Oke kalau Meganya belum dibuka
Silakan cari icon di desktop
masing-masing kemudian cari icon Mega
Kalau tidak ada di desktopnya Silakan
cari di menu start kemudian search
dengan kata kunci
Hai setelah diklik maka tampilan
software Mega adalah seperti ini
Hai di video kali ini kita mempelajari
bagaimana caranya membuat pohon
filogenetik berdasarkan sekuen DNA
karena kita tidak memiliki sekuens DNA
karena kita juga belum melakukan isolasi
dan squishing dari sampel kita maka kita
bisa memanfaatkan data-data di Jin bank
Oleh karena itu Mari kita akses jinbang
lagi di Google Mari kita Tuliskan
Hai kemudian setelah hasil pencarian
ncbi atau hasil pencarian Google keluar
kita pilih yang NC br.net dot nih.gov
ini kita klik kiri sekali
Hai agar kita diarahkan ke halaman
Hai nah pada video kali ini Mari kita
coba ya melakukan analisis filogenetik
beberapa primata
Hai setelah kita memasuki halaman utama
ncbi Mari kita mengubah older abc's
menjadi nucleotide
Hai dan Mari kita gunakan marker yang
cukup terkenal dalam analisis
filogenetik yaitu sitokrom b maka disini
bisa saya Tuliskan kyb seperti ini
Hai nih singkatan atau nama gendari
sitokrom B ya lo kobra itu sitokrom B
Itu termasuk marker ketika kita
melakukan analisis filogenetik nah saya
sudah menulis beberapa spesies yang
termasuk kedalam primata ini ada
beberapa primata yang masuk family grade
kera besar Kemudian untuk out grupnya
saya pilih tarsius tarsius itu primata
kecil ya mamalia kecil dengan mata yang
cukup besar jadinya ini sebagai out
grupnya
Hai Nah sekarang langsung saja kyb kita
tulis sudah and kemudian ini kita copy
aja gorilla gorilla
Hai gorila gorila ini nama latin dari
spesies yang kita kenal sebagai gorila
jadinya nama latin dan nama yang kita
kenal hampir sama ya kasih
Hai nah ini kita cari sebetulnya
terserah ya tetapi di video kali ini
saya pilih yang ukuran gespernya pendek
misalkan ini gorila gorila ini saya Klik
Kanan open link In New Tab
Hai setelah gorila gorila kemudian kita
cari pantri troglodytes ini simpanse
simpanse biasa Karena simpanse itu
banyak ya lebih dari
I make
ndak main ya ada yang sampai 2000
biosfer untuk video kali ini kita
gunakan biosfer yang pendek agar nanti
cepat lainnya
Hai Nah misalkan saya gunakan yang ini
Hai Klik Kanan kemudian opening YouTube
ketika kita mencari kita pastikan ya
gamenya sudah benar-benar sesuai yang
kita inginkan ini misalkan sitokrom b6f
di kemudian
Ayo kita cari Pan penisku Spanish ku
sini bunuh-bunuh gitu simpanse kecil
simpanse kerdil
Hai ini saya ganti kontrol
Hai teman-teman bisa menggunakan spesies
lain dan gen lain ya ini hanya contoh
saja
Hai Nah misalkan saya pilih yang pertama
ini
Hai Klik Kanan open link In New Tab
Hai kemudian sekarang punggung Bong
Opick mesin ini orangutan Kalimantan
Hai ini saya ganti
Ayo kita tunggu hasilnya kemudian
misalkan saya pilih yang ini 540b sopir
di Sarawak Sarawak tekan daerah di
Borneo Kalimantan ya Malaysia kemudian
kita coba bandingkan juga dengan manusia
homo sapiens yang karena kita ini nama
latinnya homo sapiens kita kalau di
filogenetik itu termasuk kedalam
kelompok great eps kera besar atau
hai oke misalkan kita pilih yang pertama
ini
Hai dan yang terakhir kita bandingkan
dengan
Hai spesies yang tidak termasuk kedalam
grade yaitu tarsius
Hai homo sapiens nya saya ganti tarsius
mungkin teman-teman pernah mendengar
tarsius tarsius itu dia mamalianya kecil
ya tetapi ukuran matanya besar sekali
nanti silakan sedih Google bila tidak
tahu tarsius
Hai Nah kita coba cari yang biosfer nya
agak pendek
Hai Semoga ketemu
di mana Kok terlalu panjang nanti
kemungkinan Malin mending Meganya agak
lama
Hai tapi sepertinya 1000 biosphere semua
ya
Ayo kita coba cari-cari dahulu
hai oke karena tidak ada langsung saja
kita pilih salah satu ini ya misalkan
nge-review status-status sintetis itu
nama salah satu spesies nah ini kita
sudah membuka ya Sekarang mari kita
download scene-scene dari situ ketombe
berbagai spesies ini kita download dalam
format pasta
Hai caranya seperti di video sebelumnya
Send to ini kita klik kemudian kita juz
desenja file
Hai kemudian formatnya fasta
Hai kemudian kriyet file
Hai yang Pongo juga seperti itu Nah
ketika muncul kotak dialog ini kita klik
ok
Hai Ungu sentuhnya kita pilih file
disini komputer record ya kemudian
formatnya fasta juga
Hai kemudian kriyet file
Hai kemudian yang vanishes juga demikian
tentunya diklik kemudian pilih file
kemudian formatnya fasta
Hai kriyet file
Hai demikian juga yang peran fun
troglodytes ini sentuhnya diklik
kemudian Syaikh file format nya juga
pasta create file juga
Hai kemudian Oke gorila juga demikian
kwento diklik file fasta
Hai dan yang terakhir Homo sapiens mohon
maaf yang terakhir tarsius dentatus
Hai senternya diklik
file kemudian
Hai Rasta kriyet file
Hai Nah di sini Kita sudah men-download
ya fakta-fakta dari scene-scene yang
telah kita cari tadi ini namanya
softlens nya ini suka 1876 Bila kalian
ingin mengganti namanya sesuai nama
Space spesies juga tidak masalah Oke
sekarang kita kembali ke Mega cara yang
harus kita lakukan Tahapan pertama yang
harus kita lakukan adalah kita klik menu
lain kita klik kiri sekali kemudian
pilih ini edit Breath linen kita klik
kiri sekali
Hai kemudian akan muncul kotak lain
editor seperti ini di sini ada tulisan
loading jadinya ini harus menunggu ya
menunggu Masih proses load
hai oke nah disini ada pilihan create a
new line mano penasafa lain Retriever
scenes from a file nah pada video kali
ini Mari kita pilih Create new linen
karena kita ingin membuat lemon baru
kita klik kiri sekali kemudian kita klik
ok
Hai sehingga muncul seperti ini data
taifo Raymon nah disini kan tadi kita
mencari nukleotida dan itu sekuensial
sekuensial DNA maka di sini kita pilih
are you Building A dinner protein selain
Man kita pilih diene kalau teman-teman
mencari fast mohon maaf mencari protein
ketika di ncbi maka kalian pilih protein
oke Ya ini kita pilih DNA
Hai sehingga muncul seperti ini
di kota MS alignment Explorer cara
selanjutnya Bagaimana nah di bagian atas
sini ada menu edit
Hai saya coba kecilkan ya ukurannya agar
lebih enak dipandang menu edit ini kita
klik kiri sekali kemudian kita pilih
Insert keyframe file kita klik kiri
sekali
Hai kemudian kita cari dimana file-file
tadi tersimpan nah kebetulan kalau di
laptop saya belum Saya pindah ya tadi
file-nya tetap di folder download
Hai nama file-nya dari squash 3-1 S8 ini
langsung kita blok semua bisa
Oh ya dianya kita tekan salah satu
kemudian kita tekan shift di keyboard
kita masing-masing kemudian kita tekan
tanda panah ke atas sambil sifatnya
tidak dilepas sehingga semuanya terblok
kemudian kita pilih open menu
Hai nah ini proses memasukkan squash DNA
dari file-file paste yang telah kita
tuntut tadi
Hai kemudian ini ada xcoins 7 ini masih
kosong ya ini kita Del saja kita klik
kemudian di keyboard ada tombol delete
Ya kita klik Delete nah hilang sekarang
Apa yang harus kita lakukan
Hai sebelum kita melakukan analisis
filogenetik nah ini semua
kweni harus disejajarkan harus dia lain
boleh karena itu Mari kita alignment
kalau di video Sebelumnya kita telah
belajar multiple scan selain menggunakan
Cluster Omega melalui website nah di
Mega ini juga bisa melakukan lain
menggunakan menggunakan Cluster caranya
bagaimana nah di menu atas sini ada lain
men-tweak ta'liq Nah sekarang di sini
kita ada pilihan kita ingin melakukan
Alin menggunakan Cluster double you atau
menggunakan massal
Hai pada video kali ini Mari kita coba
gunakan online Baiklah stool double Yuk
kita klik kiri sekali
Hai kau belum harus dislike semua ya
saya cancel terlebih dahulu di sini kita
klik salah satu bahasa kemudian kita
tekan kontrol a-nae sehingga semuanya
terblok seperti ini saya ulang ya kita
klik salah satu basah kemudian kontrol
kemudian kembali lagi menelan menit kita
klik kemudian kita pilih Alin Baiklah
Steele dabelyu yang paling atas
Hai sehingga muncul kotak Cluster double
Hai nah ini default aja tidak usah kita
ubah-ubah kemudian kita Tekan ok
Hai nah sehingga disini terjadi proses
online dan Ini hasilnya
Hai Neni sudah disejajarkan nih
Hai Yahin Iyah disejajarkan
Hai Nah sekarang ketika kita melakukan
analisis filogenetik sebetulnya beberapa
referensi-referensi menyatakan ini
langsung untuk analisis filogenetik bisa
namun Mari kita rapikan kita rapikan
bagian kiri dan kanannya
Hai Nah ini kan kosong ya kemudian ini
ada bahasanya
Hai Mari kita rapikan agar dimulai dari
daerah yang ada bahasanya semua jadinya
ini kita buang ini yang daerah sini
Hai Nikita buang
Hai biar semua diawali dengan basah
semua spesies memiliki bahasa yang
panjangnya sama caranya menghapus
bagaimana kita cari ujung yang bagus
misalkan ini kan ujungnya bagus maka
Disini di bagian atas ini kita klik
sebelum ujung yang penuh ini ini kan
yang 10 jadinya kita Klik yang ini ya
kita ingin menghapus mulai sini kemudian
kita klik kiri sekali kemudian
Ayo kita ke arah paling kiri lalu kita
tekan tombol Shift di keyboard kemudian
kita klik bagian atas ini
hai oke sebentar-sebentar
Hai hormonal salah-salah ya kita klik
seperti ini lalu
Ayo kita klik kiri sekali ya sehingga
muncul warna orange seperti ini kemudian
kita ke arah paling kiri kita tekan
tombol Shift di keyboard kemudian kita
tekan bagian atas ini nah sehingga
terblok semua seperti ini
hai lalu tinggal kita pencet Del di
keyboard kita masing-masing hilang
sehingga bagian kirinya rapi
Hai sekarang bagian kanan juga demikian
kita cari yang ujungnya Penuh semua Nah
misalkan ini ya ini kan udah kosong
hanya kita anggap ini ujung paling kanan
sehingga kita mau Mendel mulai posisi
sini sama caranya kita klik bagian atas
ini klik kiri sekali kemudian kita ke
paling ujung kita tekan tombol Shift di
keyboard masing-masing kemudian dipaling
atas kita Tekan klik kiri sekali
sehingga terblok semua seperti ini lalu
kita klik Del
Hai nah sehingga bagian kanannya Rapi
juga
hai oke sudah kita lain Man sudah kita
rapikan sekarang kita bisa melakukan
analisis filogenetik kita bisa membuat
pohon filogenetik
Hai caranya bagaimana
Hai nah sebelum kita melakukan analisis
filogenetik ini harus kita simpan
terlebih dahulu sebetulnya tidak
disimpan tidak masalah tetapi kita
Simpan saja ya sekalian belajar
menyimpan
Hai cara menyimpannya Bagaimana nah
Hai cara menyimpannya cukup mudah ya
kita pilih menu data di sini ya menu
data kemudian kita pilih export line.mod
kemudian kita pilih yang Mega format
kita klik kiri sekali
Hai kemudian kita download di tempat
yang kita inginkan misalkan di menu
download tetapi di folder download
kemudian kita pilih video
Hai belajar misalkan ini kalian ikan
belajar kemudian C file
Hai Nah kalau muncul kotak title di sini
kita tulis dengan nama yang sama seperti
tadi belajar kemudian kita Tekan ok
Hai kemudian setelah kita memberikan
nama file tadi di sini ada kotak
konfirmasi apakah data kita ini termasuk
squash yang mengkode protein atau tidak
Nah kalau sitokrom B Itu kan gen yang
mengkode protein sitokrom b sitokrom b
itu protein D membran mitokondria ya
Oleh karena itu ini kita pilih yes namun
kalau kalian menggunakan sekuen DNA yang
tidak mengkode protein kalian pilih no
kali ini sitokrom b maka saya pilih yes
Hai nah ini artinya sudah tersave sudah
ter
Hai simpan nasi lemon kita
Hai sekarang bagaimana caranya melakukan
atau membuat pohon filogenetik ini kita
minimize
Hai kemudian Nah di sini ada menu
filogeni ini kita klik kiri sekali
Hai kemudian ini ada berbagai macam
pohon filogenetik yang bisa kita gunakan
yang paling terkenal yaitu yang pertama
dan kedua ini ya Nah misalkan di video
kali ini kita belajar membuat pohon
filogenetik menggunakan e-borjoe ini
yang kedua ini kita klik kiri sekali
Hai kemudian akan muncul kotak chest ada
travel to analyze Nah kita harus memilih
File hasil alignment Teddy
Ayo kita menuju folder tempat kita
menyimpan format Mega dari file lain
menkie tadi Nah ini kan tadi di folder
download ya kemudian kita pilih file
Mega kita tadi tadi kita beri nama
belajar jadinya ini kita pilih belajar
kemudian open
Hai Neni ada proses kemudian muncul ini
MSI analisis Friends
Hai Neni t-soft filogenetik filogeninya
misal masih enam kita pilih yang Putra
Apa itu bootstrap mungkin akan kita
bahas di video lainnya kemudian ini
number besarnya tetap 1005 tetap kita
default kan tidak masalah
Hai meskipun ini Bisa diganti-ganti Ya
ini misalkan maksimum composed ini bisa
kita ganti dengan Tamura misalkan
Samurai itu juga sering digunakan Yagi
murah juga sering digunakan the namun
pada video kali ini kita tetap
menggunakan Diva tajam maksimum composed
likelihood
Hai kemudian kita Tekan ok
Hai sehingga Mega akan memproses pohon
filogenetik berdasarkan hasil lain
mengungkit ada di
Hai nah ini hasilnya saya perbesar ya
hai oke mungkin hasil awal dari beberapa
Mega kalian seperti ini
Hai nah seperti ini ya angka-angkanya
Hanya angka-angka seperti ini
hai ketika kita mengklik
akhir-akhir ini ya
a branch of seperti ini biasanya seperti
ini hasilnya kemudian kita bisa
menambahkan angka-angka untuk
memperlihatkan seberapa panjang branch
linknya
Hai seberapa panjang cabang-cabang ini
caranya bagaimana kita Klik yang ini
klik
OK Google the display of brand Slank nah
seperti ini muncul panjang setiap
berasnya Kenapa perlu kita Munculkan
karena kalau kita belajar pohon
filogenetik ya panjang dari brand sini
akan mengidekan sikan berapa sih
kekerabatan jarak kekerabatan antara
satu spesies atau satu sampel dengan
sampel yang lain DVD yang lain mari kita
dalami bagaimana cara membaca pohon
filogenetik pada video kali ini kita
khususkan untuk belajar cara membuatnya
saja
I make begitu ya
Hai misalkan kita ingin memunculkan
nilai bus Arabnya kita bisa klik ini
Tugel the display of nuts Tabs nah ini
muncul
Hai agar tidak bingung Frans lainnya
kita hilangkan lebih dahulu nah ini ini
nilai bus Arabnya Apa maksud dari
nilai-nilai ini Insya Allah mungkin kita
bahas di video lain yang membahas
Bagaimana cara membaca pohon filogenetik
itu ya Ini angka-angka penting yang
biasanya dimunculkan peran Slank sama Bu
strapnya jadi
Hai kemudian kita juga bisa mengubah
tampilannya nah di menu sini ada
berbagai macam ya tampilannya
Hai misalkan kita klik ini yang pertama
ini
Hai tradisional ini kita tradisional
reguler misalkan kita ganti Nah bisa
seperti ini
ini bisa kita ganti bentuk lain
Hai atau bisa juga bentuknya radiation
seperti ini
Hai nah ini ya Atau mungkin Radial atau
Shark sirkel maksud saya Nah ini mungkin
sebagian dari kalian pernah melihat
pohon filogenetik dalam bentuk sirkel
seperti ini kita kembalikan ke bentuk
tradisional Raja karyanya yang paling
sering dimunculkan Lalu bagaimana
caranya men-save gambar ini agar bisa
dicopy ke word atau pelaporan kita
caranya cukup mudah ya di sini ada image
Nah di sini kita pilih ingin dicap
sebagai PDF atau PNG bngt bentuk gambar
ya atau yang lainnya misalkan Saya chef
sebagai PDF tinggal diklik kiri sekali
saja
Hai kemudian muncul kotak image export
option file namanya kita pilih Nikita
Tulis misalkan belajar juga belajar
Villages matic
Hai kemudian kita Tekan ok
Hai Oh mohon maaf salah salah itu kita
cari tempat chefnya terlebih dahulu
kembali ya kita tekan menu image
kemudian kita pilih PDF file name ini
kita brush kita bros tempatnya mohon
maaf salah tadi
Hai misalkan tetap kita letakkan di
folder download kemudian Disini di file
name kita beri nama belajar filogenetik
Hai Misalkan seperti ini kemudian save
kemudian oke nah Ini proses menyimpan
gambar kita
Hai disini juga ada beberapa menu lain
yang bisa kita pelajari secara mandiri
ya ada berbagai hal yang bisa kita
lakukan dan di bagian bawah ini ada
keterangan ini Mega ini bagus ini
jadinya kita dapat memperoleh keterangan
juga dari setiap analisis yang kita
lakukan dan keterangan ini juga bisa
kita cantumkan atau kita tambahkan ke
laporan kita sebagai penguat Oke
demikian penjelasan saya terkait
Bagaimana caranya membuat analis pohon
filogenetik menggunakan Mega di video
selanjutnya Mari kita belajar melakukan
analisis komposisi nukleotida dan
analisis mutasi menggunakan Mega terima
kasih atas perhatiannya Mohon maaf bila
ada kesalahan Assalamualaikum
warahmatullahi wabarakatuh