Kind: captions
Language: id
Halo assalamualaikum warahmatullahi
wabarakatuh di video Sebelumnya kita
telah mempelajari bagaimana caranya
membuat pohon filogenetik semacam ini
menggunakan Mega dan pada video kali ini
Mari kita pelajari Bagaimana caranya
melakukan analisis komposisi nucleotide
hingga generic defense menggunakan
Hai Oke saya tutup serabi dahulu pohon
filogenetik yang telah kita buat bersama
di video sebelumnya cara menutupnya
budaya kita tekan X di atas sini
kemudian ini ditanyakan ingin menshare
atau tidak misalkan Saya tidak ingin
menciptakan kita pilih disket saja
hai oke
Hai ini ada menu close data Coba kita
kerja keles data kemudian di sini kita
pilih NU saja Oke ini sudah kosongan
lagi ya Sekarang mari kita melakukan
berbagai analisis yang saya singgung di
awal tadi namun sebelum melakukan
berbagai analisis tersebut kita tentunya
harus menyiapkan data-data yang kita
siapkan sama seperti data ketika kita
melakukan analisis pohon filogenetik
kita menyiapkan data hasil lain menit
kita
Hai sekarang Coba langsung kita lakukan
nah disini akan ada berbagai macam
analisis ya di sini juga ada menu
analisis juga misalkan saja langsung aja
ya
Ayo kita klik data kemudian OpenOffice
latau season kemudian kita pilih ini
belajar kita buka file hasil dari online
kita klik open
Hai singa muncul Teteh kita kita klik
ini nyanyikan hasil olahan menu kita
sekarang Mari kita explore terlebih
dahulu data kita ini
ini tampilannya seperti ini titik-titik
ini artinya sama ya Sama dengan atas ini
atasnya ada label basa nitrogennya
sedangkan ketika berbeda dengan atas
akan dituliskan seperti ini Bila kita
ingin melihat seluruh bahasa dari setiap
scenes tinggal kita Klik yang ini aja
tea ini nah sehingga muncul seperti ini
Hai kalau kita ingin kembalikan seperti
tadi kita klik lagi ini
di seberang saya katakan tadi kalau ini
titik artinya sesuai dengan atas ini
kalau tidak sesuai dengan atas ini
tulisannya T atau c atau nama singkatan
basa nitrogen lainnya kemudian disebelah
sini ada transfer scenes jadinya di Mega
kita bisa mencoba mentranslate bahasa
Hai urutan DNA ini coba kita lakukan ya
kita klik nah ini proses nah sehingga
disini ditranslate menjadi asam-asam
amino
Hai Asam Asam aminonya disingkat
menggunakan satu huruf ya
Hai Oke kita kembalikan
Hai setiap basa nitrogen lagi
Hai kemudian di sini ada CC itu artinya
konsep daerah yang setiap sekuensial
memiliki basa nitrogen yang sama
Hai kemudian kalau kita tekan up kita
akan diarahkan ke daerah-daerah yang ada
variabilitasnya jadinya basah bahasanya
tidak hanya satu macam dan di bagian
bawah sini ada jumlahnya ini hanya
variabel site yaitu 176 dari 267 basah
yang ada kalau konsepnya 78 dari 267 nah
sedangkan variabel set itu sebetulnya
ada dua macam ada parsimony Ada single
tone Apa bedanya dua-duanya termasuk
variabel site namun Kalau single Ton itu
prinsipnya adalah ada dua macam bahasa
dan maksimal satu bahasa itu berulang
lebih dari sekali
Oh ya jadinya ada dua macam basah dan
maksimal satu bahasa berulang lebih dari
sekali jadinya salah satu basah berulang
lebih dari sekali misalkan ini nih kan
ada dua macam basa sitosin sama timin
kemudian situasinya berulang lebih dari
sekali kemudian ini adenin sama timin
hanya berulang lebih dari sekali tapi
timnya cukup sekali muncul begitu ya
kalau parsimony sama dia terdiri atas
beberapa basah namun bisa lebih dari dua
basah dan minimal
G2 bahasa itu harus muncul minimal dua
kali itu ya kalau parsimony itu variabel
site yang terdiri atas beberapa bahasa
dan minimal dua bahasa muncul dua kali
misalkan ini
Hai ini ada tiga macam bahasa kemudian
harus ada dua bahasa yang muncul lebih
dari sekali atau dua kali ini g Kenya
muncul dua kali hanya muncul tiga kali
misalkan ini
Hai ada situasi nada tim ini ada dua
macam bahasa timin muncul dua kali
sitosin muncul empat kali ikut Iya itu
bedanya parsimony sama single tone
Hai kemudian disini ada apa
1024 ini berkaitan dengan degenerasi
kalau kita belajar translasi dan kode
genetik ada istilah degenerasi
Hai degenerasi itu prinsipnya ada
beberapa kodon yang menghasilkan asam
amino yang sama prinsipnya gitu ya Nah
ini ada nol ada dua ada 4
Hai ini ya anak Zero Fight The generated
itu site atau situs situs atau
basah-basah yang ketika dia mengalami
subtitusi perubahan basah selalu
menghasilkan asam amino yang berbeda
alias mutasinya tidak sinonim semua kita
klik Disini
Hai nah ini merupakan situs-situs yang
termasuk kedalam Zero Fort degenerated
site
Hai nah daerah-daerah sini ketika
mengalami perubahan basah perubahan
apapun maka asam aminonya juga berubah
asam amino yang dikode akan berubah
misalkan di sini timin bersubstitusi
menjadi adenin makan nanti menghasilkan
asam amino yang berubah
Hai misalkan di sini ada ini kalau
berubah menjadi guanin asam aminonya
berubah apapun perubahannya kan basa
nitrogen itu kan ada empat macam maka
kemungkinan dia mengalami subtitusi itu
tiga macam ada timin adenin guanin sama
sitosin kemungkinan pertama timin
berubah menjadi adenin kemungkinan kedua
yang ini yatimin berubah menjadi sitosin
kemungkinan ketiga timin merubah menjadi
apa tadi guanin sitosin kemudian adenin
nah tiga perubahan itu menyebabkan
perubahan asam amino selalu menyebabkan
perubahan asam amino itulah situs-situs
yang Zero for the generic ini juga
ditunjukkan yang termasuk zerofat ini
ada 167 dari 267 kalau to vote
degenerated itu ke situs-situs yang
salah satu atau dua perubahan bahasanya
Hai menghasilkan asam amino yang sama
artinya mutasinya sinonim ini ya daerah
sini seperti yang saya katakan setiap
bahasa itu ada kemungkinan berubah
menjadi tiga bahasa yang lain karena
basa nitrogen DNA itu kan ada empat
macam kalau salah satu perubahannya
menghasilkan asam amino yang sama alias
mutasinya sinonim ya dia termasuk to
food
Hai Ataupun mungkin dua kemungkinan
perubahan bahasanya tetap menghasilkan
asam amino yang sama misalkan ini
sitosin sitosin kan bisa menjadi abisa
menjadi G bisa menjadi
hai ketika dia berubah menjadi a.dan
tetap menghasilkan asam amino yang sama
ketika ditranslasikan dia termasuk to
Fold
Hai atau tidaknya a ketika dia berubah
menjadi G asam aminonya juga tetap nah
ini termasuk to food namun kalau tiga
macam perubahannya termasuk sinonim
menghasilkan asam amino yang sama maka
dia termasuk for Ford
ksenia for the general site nah
daerah-daerah sini ketika mengalami
perubahan basa nitrogen apapun
perubahannya baik di sini ada ini
berubah menjadi timin sitosin ada guanin
asam amino yang di hasilkan ketika
transaksi tetap sama alias tiga macam
perubahan basa nitrogennya tetap
mengasihi tetap berupa mutasi sinonim
asam aminonya tetap sama meskipun
basah-basah ya di sini berubah ketiga
bahasa yang lain misalkan di sini timin
Misalkan berubah menjadi adenin guanin
atau sitosin tetap ketika ditranslasikan
hasilnya tetap basa nitrogen tetap asam
amino yang sama di bagian bawah sini
juga ada keterangan yang termasuk for
for the generated site itu ada 14 begitu
ya oke
Hai cara menghilangkan La
menghilangkannya lagi kita klik sehingga
kuning-kuning nya hilang Oke kemudian
analis apa lain yang bisa kita lakukan
Hai Nah ini bisa kita minimize kemudian
Nah di sini ada Moonlight kemudian di
sini ada model Nah di sini kita bisa
menghitung matriks subtitusinya
subtitusi dengan perubahan basah bisa
kita klik kiri sekali kemudian ketika
ada menu ini kita pilih yes
Hai kemudian kita pilih Oke kita di
Vatikan aja tidak kita ubah apapun
Hai sehingga akan muncul seperti ini
Hai nah ini merupakan perhitungan laju
mutasi laju truk subtitusi ini misalkan
adenin kalau subtitusi menjadi timin
atau hasil ini readnya lajunya itu
sebesar ini
Oh begitu ya
Hi Ho ini ada keterangannya it enriches
the property of probabilitasnya ya mohon
maaf jadinya ke probabilitasnya ini
probabilitas perubahan adenin menjadi
timin atau hasil adalah sebesar 4,0 4
sitosin menjadi guanin sebesar 5,4 4
Oh begitu kemudian disini juga ada
Hai ada keterangannya the nuclear tests
frekuensi nanya frekuensi kemunculan
nukleotidanya itu sebesar 25 sekian
persen timin urasil 26 sekian persen dan
seterusnya enaknya ada keterangannya
disini untuk memperkuat cara pembacaan
kita Oke ini matriks subtitusi kalau
ingin di-save Nah di sini ada caranya
export to Excel atau cs-cs V atau export
ke teks misalkan kita pilih ke teks ya
Hai kemudian file-nya tetapi saat kita
pilih save
Hai nah sehingga tersimpan seperti ini
atau biliar enak biar mudah diedit kita
save ke Excel kita klik Excel kemudian
kita klik ok
Hai sehingga tersimpan ke dalam bentuk
file Excel Coba kita lihat hasil cv-nya
Hai nah ini hasil cv-nya kalau di XL
enak bisa kita edit tabelnya kita tutup
ya
hai oke itu matriks subtitusi lalu
analisis apa lagi yang bisa kita lakukan
kita tutup terlebih dahulu
Hai kamu mah disini kita bisa melihat
jarak genetiknya
di atas sebelum jarak genetik kita tetap
di model Nah kita bisa menghitung
komposisi nukleotidanya kkomputer.com
position Nah ini bisa kita klik kiri
sekali kemudian Yes kemudian ok
Hai ini akan langsung diarahkan ke Excel
Hai di sini kita nanti bisa melihat nah
komposisi dari masing-masing basa
nitrogennya jadinya pada sekuens dari
homo sapien ini sitokrom B homosapien
ini persentase kehadiran timin atau
hasil itu sebesar 25 koma sekian persen
sitosin nya 35 sekian persen adenin
sekian persen guanin sekian persen pada
gorila situasinya segini guaninnya
Segini rata-rata keseluruhan dari setiap
squash yang kita masukkan tadi
kemunculan timnya sebesar 26 sekian
persen
Hai cytosine nya sekian ada ininya
sekian guaninnya sekian ya kita langsung
mendapatkan berapa sih persentase
kemunculan setiap basah tanpa melakukan
perhitungan manual kemudian Nah di sini
ada temin 1cm in 1 ini maksudnya apa nah
ini kalau kita belajar kodon ya kode
genetik
Hai itu kan tersusun atas triplet basah
Jadi triplet itu kan 3 bahasa jadinya
setiap kode genetik itu kan terdiri atas
tiga bahasa misalkan Aug Nah itu bahasa
pertama ubah ke 2G bahasa ketiga nah ini
bahasa pertama ini bahasa kedua ini
basah ketiga jadinya kemunculan timin
dibaca pertama dari setiap kodon itu
berapa persen Nah ini
Hai kemunculan sitosin sebagai bahasa
pertama dari setiap Gordon dari scenes
gorilla Zoe homo sapiens itu segini
kalau gorila ini Ya itu 33 persen Nah
kalo yang ini frekuensi kemunculan tiap
basah ketika bahasa itu berada di posisi
kedua di setiap kodon dan yang ini yang
terakhir kemunculan setiap bahasa ini
ketika basah tersebut di posisi ketiga
Oh ya nanti kalau kalian sudah belajar
translasi kalian mudah memahaminya
ketika kita belajar kode genetik dan
kodon ya karena kode n triplet basa
nitrogen sehingga tersusun atas tiga
basah-basah pertama kedua dan ketiga
hai oke
Hai kemudian kita juga bisa melakukan
analisis komposisi asam amino
Hai Caranya tinggal kita pilih tab namun
disini dikatakan ketika kita akan
melakukan analisis ini kita harus
mentranslate bahasa nitrogen Dadi
jadinya kita kembali ke data kita
kemudian kita pilih ini translate scenes
kita klik
Hai sehingga memunculkan Hasil translate
nya kemudian kita bisa melakukan
analisis komposisi asam amino ya kita
pilih computer Min wasit compositions
Yes kemudian oke juga sehingga akan
muncul hasilnya di Excel juga
Ayo kita lihat nah ini alanin munculnya
itu 3,9 persen kalau di rumah sapiens
dan seterusnya ini macam-macam base asam
amino yang dihasilkan resmi ada totalnya
total kemunculan
Hai GTA ini rata kemunculan setiap asam
amino
Hai kalau ini rata kemunculan pada
homosapien ini kerata kemunculan pada
tarsius
Hai dan sebagainya
Hai misalkan ini histidin ya asam amino
histidin pada tarsius itu munculnya 6,6
Hai persen begitu Oke ini kita tutup
selain itu kita bisa melakukan analisis
yang lain tetapi kita kembalikan dulu
jangan berupa asam amino tapi kita
kembalikan ke basa nitrogen tinggal
diklik ini sekali
Hai Nah kita bisa mengukur genetic
distance jarak genetik caranya bagaimana
kita klik analyze kemudian the scenes
kemudian komputer parwis dispense
kemudian kita klik Yes lalu ok
Hai nah ini hasilnya ini generic
distance jarak genetik semakin kecil
angkanya semakin dekat jarak genetiknya
semakin besar angkanya semakin jauh
jarak genetiknya
Oh ya ini kan Nomor 1234566 s123456
Tadinya ini homosapien ini pungu ini Pan
misalkan kita ingin tahu jarak genetik
antara Pongo dan homo sapien Ya udah
kita ke arah sini ini barisnya Pongo ini
kolomnya homosapien karena nomor satu
itu musafir kita ingin tahu antara
gorila sama Pan gorila nomor 5 Pan nomor
4 c-nya kita lihat ini gorilla
Hai kemudian vanno empatnya disini ini
jarak genetiknya ini kanpani tuh nomor 4
gorila nomor 5 nah jarak genetiknya 0,1
182 semakin kecil angkanya semakin dekat
jarak genetiknya cara savenya bagaimana
sama seperti tadi pilih file kemudian
misalkan
Hai export
Hai kemudian ini akan muncul kotak
seperti ini outputnya Excel saja biar
mudah kemudian ok
Hai sehingga akan terus save dan terbuka
otomatis di Excel kita
Hai nah ini ya
Hai itu
Hai ini kan panjang-panjang ya sehingga
tabelnya seperti ini sebelumnya kita
bisa mengubahnya biar menjadi lebih
pendek
Hai di lain kesempatan akan saya
beritahu cara mengubahnya cukup mudah
sebetulnya Oke demikian penjelasan saya
terkait
di berbagai analisis yang bisa kita
lakukan menggunakan Mega ketika kita
memiliki berbagai sekuens nukleotida
atau scenes protein terima kasih atas
perhatiannya Mohon maaf bila ada
kesalahan dan di video selanjutnya
Insyaallah kita pelajari Bagaimana
caranya melakukan analisis
bioinformatika seperti desain obat
design vaksin dan lainnya terima kasih
assalamualaikum warahmatullahi
wabarakatuh