Kind: captions
Language: id
Halo assalamualaikum warahmatullahi
wabarokatuh berjumpa lagi dengan saya di
channel YouTube saya ensiklopedia Ahmad
Fauzi di video Sebelumnya kita telah
mempelajari bagaimana caranya menentukan
protein-protein target dari senyawa
alami yang kita pilih senyawa alami yang
kita gunakan selama dua video terakhir
adalah kurkumin dan dengan menggunakan
tiga webserver kita bisa melihat
protein-protein target dari kurkumin
tersebut kemudian di video sebelumnya
tersebut kita juga telah mempelajari
bagaimana caranya membuat web yang
menggambarkan interaksi antara
protein-protein target dari kurkumin
tersebut
kemudian di video kali ini kita akan
melanjutkan analisis kita Fokus dari
video ini adalah kita mempelajari
bagaimana caranya menyiapkan struktur
tiga dimensi dari protein target yang
telah kita pilih dan memfasilitasi
kualitas dari struktur tiga dimensi
tersebut Oke Seperti yang saya singgung
di video Hai saya telah memilih protein
target yang akan saya tindak lanjuti
agar epidermal growth Factor receptor
RBB one langkah selanjutnya Apa saya
harus menyiapkan
prostructure tiga dimensi dari protein
ini ada dua cara yang pertama kita
langsung ke darat issue default ya ini
ada jenis proteinnya juga kita bisa buka
Yazid work kemudian nanti kita masukkan
Id ini atau nama protein ini di database
tersebut Namun pada video kali ini Mari
kita pelajari Bagaimana memodelkan
struktur dari protein yang kita miliki
tanpa menggunakan Depok bagaimana cara
memodelkan nya pertama kita harus
memiliki fasta dari protein target
tersebut untuk mendapatkan fakta dari
protein target maka kita ke ncbi kita ke
Google kita klik ncbi kemudian di sini
ada National Center for biotechnology
itu kita pilih setelah kita pilih maka
kita akan masuk nge-rap dari MCB X di
sini ada old database ini kita pilih
protein karena kita ingin mencari
protein RBB
kemudian ini bisa kita copy ya nama
protein tersebut ini copy kemudian kita
Salin di sini kemudian search kita
tunggu hasil pencariannya
setelah muncul hasil pencariannya kita
pilih ya sebelum kita pilih di sini kita
pastikan organisme yang kita pilih
adalah homo sapiens maka di resort
betason ini kita pilih kita klik homo
sapiens kita klik skali Ungu sapiens ini
diangkatnya ya bukan di namanya
koordinatornya tak bisa diangkat 75 tadi
diklik sehingga hasilnya seperti ini
kemudian kita pilih yang paling atas
saja kita klik
kemudian kita akan diarahkan ke halaman
file yang berisikan
protein RBB wanita ada berbagai
informasi karena kita butuh faktanya
kita bisa ke sini pasta ini atau
langsung tombol send Twin ya yang kita
klik pasta
Kemudian setelah muncul seperti ini kita
bisa Klik sentuh kemudian file kita
centang kemudian download warna hitam
formatnya fastest sudah betul ini
pastikan dia vastaya kalau beda silakan
tanda panah ini dipilih kemudian pilih
yang pasta Kemudian klik create file
sehingga akan tersimpan xcoins protein
dari RBB one dalam format pasta seperti
setelah pasta dari protein target kita
dapatkan sekarang kita waktunya
memodelkan protein tersebut kita ke
Google lagi kemudian kita cari
swiss-model
ini ya kita Tuliskan swiss-model ini
swish model dari software
eksplorasi.id kita klik sehingga kita
masuk ke halaman Sis modelling di sini
ada tombol Start modelling ini kita klik
setelah tombol Start modern kita klik
akan muncul tampilan seperti ini
pastanya bisa langsung dicopy disini
atau kita upload file yang sudah kita
download tadi kayaknya ada tombol upload
di sini kita klik kemudian screen flash
tank sudah kita miliki tadi kita pilih
kemudian kita klik tanda Open tombol
Open disini Klik sekali sehingga ini
akan terproses
Slank ah kalau ada tulisan file tuh
upload file ke istri ingin ini silakan
diupload lagi atau target kemudian
sponsnya dipilih kemudian kita tunggu
nah kalau berhasil akan muncul seperti
ini berwarna seperti ini ya kemudian
projector nya bisa kita pilih kemudian
kita juga bisa menuliskan alamat email
kita tapi ini opsional Setelah itu kita
Klik tombol get model yang kanan ini
bukan search for templatenya tapi
kemudian kita tunggu proses pemodelan
senyawa come proses pemodelan protein
Target this model ini
OK Google Map
hai oke setelah kita tunggu Setelah
sekian lama maka hasil pemodelan sedang
muncul ya mungkin anda bisa saja
membutuhkan waktu beberapa menit hingga
mungkin setengah jam lebih untuk
memunculkan hasil pemodelan Anda kalau
sudah muncul maka tampilannya seperti di
sini di sisi kanan sudah muncul struktur
Tiga dimensinya hasil pemodelan kemudian
di sisi kiri ini ada beberapa model yang
dihasilkan kita bisa memilih kalau
kurkumin yang saya modelkan menggunakan
swiss-model ini ada dua model-model dua
dan model satu manakah yang kita pilih
kita pilih yang seks identity nya paling
tinggi yakni yang seks identitasnya
paling tinggi yang disini 77 persen
model2 sedangkan model satu identity nya
sampai
99,9 dua maka saya memilih yang ini
setelah saya Tentukan manakah yang pilih
kemudian perlu saya download struktur
tiga dimensi ini cara Hai Nah di sini
ada model 01 ini ada tanda panah kebawah
dikit kiri sekali kemudian kita download
dalam format PDF jadinya PD Boy
formatnya kita klik kiri sekali sehingga
terdownload disini kenapa
Hai pakai setelah kita download struktur
tiga dimensi dari hasil pemodelan sistem
model selanjutnya kita validasi struktur
tiga dimensi tersebut Bagaimana caranya
melakukan validasi kita kembali ke
Google kemudian kita bisa menggunakan
Save webserver Save save web server
kemudian di sini ada save MB by Edo ini
sehingga kita diarahkan ke set dari save
web server tersebut kemudian di sini
kita bisa pilih just five namun sebelum
kita Cut file
format dari protein target itu sudah
berhasil
download-nya namanya model 01 untuk
memudahkan kita kita bisa mengganti nama
file ini menjadi nama rutin target kita
jadinya nih kita ganti menjadi erp
satu seperti ini agar kita mudah
mencarinya
kemudian kembali lagi ke webserver di
sini ada tombol tusfile ini kita klik
kiri sekali
kemudian nah ini hasil pemodelan kita
kita klik kemudian klik Open
kemudian di sini ada nama joknya bisa
kita ganti tapi tidak diganti juga tidak
masalah lalu kita klik Run program
kemudian kita tunggu hasilnya Nadia ini
ada enam parameter yang bisa kita
gunakan untuk pompa lidasi struktur tiga
dimensi dari pemodelan protein kita yang
pada umumnya saya gunakan adalah perak
dan Project Nah sekarang kita gunakan ra
terlebih dahulu di sini ada tombol Start
kita klik start
kemudian disini akan muncul
quality faktornya overall nya
9603 1 ia satu lumayan tinggi ya sangat
tinggi ya jadinya bagus ini hasil
pemodelan Kemudian yang kedua adalah
Project kita klik start kemudian kita
tunggu prosesnya
dengan menggunakan
Project kita nanti akan mendapatkan
perut yang sangat penting dalam validasi
struktur tiga dimensi yaitu ramachandran
Nah setelah selesai prosesnya kemudian
kita bisa melihat hasilnya nah disini
akan ada Resort di sini juga bisa kita
pilih salah satu Misalkan kita
maka kita akan diarahkan ke halaman
seperti ini nah ini ya jadinya meskipun
saya tadi klik Rizal nya dari cek disini
kita bisa memilih hasilnya hasil dari
proyek maupun hasil dari Earth bisa kita
tampilkan yang kita lihat Er abdaul tadi
ya sudah kita lihat jadinya faktor
kualitas rata-ratanya mencapai
Hai nah grafik ini juga bisa kita
tampilkan
Diver kita kemudian dari Project disini
kemudian yang tadi saya singgung
ramachandran nah ini
yang ini ramachandran pot yang atas ini
bukan yang old tapi yang plot ini perlu
kita informasikan juga kita
Salim di dilaporkan kita kemudian
Bagaimana cara membacanya dan bagaimana
dasar analisis dari Rahmat karena ini
Kompleks ini detail maka Insyaallah saya
akan membahas secara khusus konten yang
membahas tapi prinsipnya di bawah
ramachandran Flop ini ada angka-angka
penting yang perlu kita lihat adalah
yang reside in all regions ini semakin
kecil persentasenya maka semakin bagus
hasilnya hasil jadinya nah disini nilai
dari residu ini Solo region dari model
Saya hanya 0,2 sendok sampai satu persen
maka secara umum dapat dikatakan hasil
pemodelannya Baguslah begitu ya udah
pemodelan juga udah hasil
pembelajarannya sudah divalidasi
sekarang kita ingin tahu bagaimana sih
bentuk struktur tiga dimensi secara
jelas dari hasil pemodelan kita untuk
melihat visualisasi secara tiga dimensi
dari struktur protein kita bisa
menggunakan software Timur kita bisa
download ya timal b Google langsung
tulis timal kemudian kita ke webnya
langsung vemale.co LG ini software
gratis ya kemudian disini ada download
now ini bisa kita klik
kemudian disini nah kita kalau saya
pakai Windows maka saya bisa pilih yang
kemudian nanti akan terdownload ini saya
cancel karena saya sudah punya ya
kemudian kalau ingin
ingin
ingin apa namanya yang versi lebih lama
misalkan
Kalau misalkan yang versi lebih baru
lebih tua ukurannya terlalu besar atau
bagaimana kita bisa menggunakan versi
lebih lama di sini ada for previous
version bisa kita lihat
di versi versi sebelumnya ada banyak
sekali tetapi ini hanya sampai bimbel
2.07 nah kebetulan di laptop saya saya
menginstal versi 1.1
Anda yang ingin
nanti akan saya siapkan link download
timal sesuai dengan di laptop saya ini
dan link download itu akan saya
Tampilkan di kolom deskripsi di bawah
video
begini nanti tinggal diklik install ya
jadinya Setelah didownload klik kemudian
nanti next next tahu seperti menyesal
program lainnya kalau ada centang
centang enggak usah diubah-ubah
dikurangi
nanti setelah di-install kita tinggal
membuka emailnya untuk mencari program
timbulnya kita bisa ke tombol Start di
pojok kiri
kemudian kita bisa Set nama tapi nanti
bisa jadi muncul berbagai macam timal
seperti pilih yang
muncul seperti ini langsung
seperti ini kemudian pakai default
kemudian diklik
sehingga programnya akan terbuka
kita tunggu ya
hai
Hai
nah ini tampilan dari mallnya setelah
terbuka kalau menggunakan versi saya
kemudian tadi Saya ingin melihat
Bagaimana struktur tiga dimensi dari
protein yang sudah kita modelkan Dadi
caranya bagaimana kita buka dengan
mengklik Tombol menu file di sini file
kemudian kita pilih Open kemudian kita
cari PDB file PDB yang sudah kita unduh
tadi ya Tadi itu di-download kok bisa ya
ya di folder download
Rp100 Ya tapi ini masih struktur dua
dimensi eh bukan dua dimensi
struktur sekunder
Mohon maaf saya lupa yang nah
biar biar bisa kelihatan mana
Z1 release date asyiknya Seperti apa nah
bagaimana agar tampilannya berubah di
sini ada old ada RB dewan nah di oleh
ini maupun di RBB one ada ashl C nah
Disini yang di baris old ini kita pilih
yang biar lebih besar Saya klik ya saya
maximize kemudian disini
itu high ide jadinya bisa kita Klik di
baris Oh kita klik kemudian kita ini
hilangkan supaya klik hilang kemudian
kita ingin melihat lagi kita bisa fiksi
Nah si situ melihat ingin melihat
strukturnya dalam bentuk seperti apa Nah
misalkan saya pilih yang
mana ya kita pilih yang kartun nah ini
ini bagus ini kemudian saya ingin
membedakan mana yang al-fayed sama bebas
it Nah bisa dibedakan dengan warna
caranya gimana di sini ada C ya paling
kanan ini C diklik kemudian kita pilih
by secondary structure by SS kemudian
pilih pilihan warnanya misalkan kita
pilih
yang paling atas nah indah sekali ya
kita disini bisa melihat mana yang
kemudian kalau ingin kita lihat lagi
model ini dalam bentuk yang lain maka
bisa seperti tadi kita haid semua dua
everything kemudian kita sih dalam
bentuk lain misalkan dalam bentuk
Surface dari servicenya ini kita loading
beberapa saat
nah ini hasilnya nampak dengan jelas ya
bagaimana bentuk dari protein-protein
RBB One Oke
demikian cara kita membisu Amin
visualisasi struktur tiga tidak dari
model yang telah dikalibrasi oleh
server-server di video selanjutnya kita
akan mempelajari cara melakukan blocking
docking protein target ini dengan
senyawa alami yang sudah kita pilih di
beberapa video sebelumnya terima kasih
atas perhatiannya Mohon maaf bila ada
kesalahan assalamualaikum warahmatullah
wabarakatuh